鄂爾多斯應用技術學院以本科教育為主，將逐步建設涵蓋工學、醫(yī)學、管理學、藝術學等學科專業(yè)體系，主要培養(yǎng)地區(qū)經濟社會發(fā)展所需要的應用型、技術技能型人才，現(xiàn)開設交通運輸、機械工程、汽車服務工程、化學工程與工藝、材料化學、土木工程、自動化、電氣工程及其自動化、電子信息科學與技術、計算機科學與技術、音樂表演、舞蹈表演、護理學、醫(yī)學檢驗技術、眼視光學等15個本科專業(yè)。此外，現(xiàn)有地下工程與地下技術1個碩士點，設置護理、臨床醫(yī)學、蒙醫(yī)學、眼視光技術、醫(yī)學檢驗技術、藥品經營與管理、醫(yī)學影像技術、建筑工程技術、應用化工技術、機電一體化技術等10個專科專業(yè)，設置護理、蒙醫(yī)醫(yī)療與蒙藥、農村醫(yī)學、中藥、醫(yī)學檢驗技術、醫(yī)學影像技術、助產、藥劑等8個中專專業(yè)。現(xiàn)有全日制在校生6857人，其中研究生、本科學生3357人。

2017年招收機械工程（專業(yè)代碼：080201）、交通運輸（專業(yè)代碼：081801）、汽車服務工程（專業(yè)代碼：080208）、自動化（專業(yè)代碼：080801）、電子信息科學與技術（專業(yè)代碼：080714）、計算機科學與技術（專業(yè)代碼：080901）、電氣工程及其自動化（專業(yè)代碼：080601）、土木工程（專業(yè)代碼：081001）、化學工程與工藝（專業(yè)代碼：081301）、材料化學（080403）、護理學（專業(yè)代碼：101101）、醫(yī)學檢驗技術（專業(yè)代碼：101001）、眼視光學（專業(yè)代碼：101004）、音樂表演（專業(yè)代碼：130201）、舞蹈表演（專業(yè)代碼：130204）等15個本科專業(yè)。護理（專業(yè)代碼：620201）、醫(yī)學影像技術（專業(yè)代碼：620403）、康復治療技術（專業(yè)代碼：620501）3個專科專業(yè)。招生計劃由內蒙古自治區(qū)招生管理部門以規(guī)定的形式向社會公布。